Обзор ESM Atlas

ESM Atlas — это инструмент для предсказания и исследования белковых структур, разработанный Biohub (инициатива Chan Zuckerberg Initiative), который позволяет исследователям в области метагеномики и белковой науки получать доступ и исследовать миллиарды предсказанных метагеномных белковых структур. Он служит открытым ресурсом для биологических открытий и дизайна белков. Платформа организует и делает доступным для навигации огромный набор данных по биологии белков, в настоящее время включающий 6,8 миллиарда белковых последовательностей и 1,1 миллиарда предсказанных структур. Она использует ИИ для выявления и отображения связей между белками, которые традиционные базы данных могли не уловить, включая эволюционные связи между отдаленно родственными ферментами для редактирования генов. Эта инициатива направлена на ускорение терапевтических открытий путем преобразования эмпирического скрининга в дизайн, управляемый вычислениями.

ESM Atlas предоставляет полный набор функций, разработанных для облегчения исследований и открытий в области белков, используя передовые модели ИИ для обеспечения беспрецедентного доступа к данным о структуре белков. Его возможности простираются от базового доступа к данным до поддержки сложных рабочих процессов по дизайну белков.

ESM Atlas в первую очередь предназначен для научного сообщества, занимающегося исследованиями белков, биоинформатикой и разработкой терапевтических средств. Его открытый характер и обширный набор данных делают его ценным ресурсом во многих дисциплинах.

ESM Atlas от Biohub, наряду с его связанными моделями ESMC и ESMFold2, свободно доступен мировому научному сообществу. Модели выпущены под лицензией MIT, а данные доступны под лицензией CC BY 4.0, что позволяет использовать их в академических и коммерческих целях без ограничений. Хотя основные модели и данные являются открытыми, сам сервис Atlas работает по модели freemium, при этом доступ к API ограничен по скорости запросов для обеспечения справедливого использования общих ресурсов. Пользователям рекомендуется управлять своими запросами, чтобы избежать чрезмерного использования.