ESM Atlasは、予測されたメタゲノムタンパク質構造の数十億へのアクセスを提供するオープンなアトラスであり、生物学的発見とタンパク質設計のための重要なリソースとして機能します。
注目ポイント
Stork’s verdict on ESM Atlas
ESM Atlas reviewed by Stork AI · stork.ai/ja/esm-atlas
APIドキュメント
API提供状況
overview
ESM Atlasは、Biohub（Chan Zuckerberg Initiativeの取り組み）によって開発されたタンパク質構造予測および探索ツールであり、メタゲノミクスおよびタンパク質科学の研究者が、予測された数十億のメタゲノムタンパク質構造にアクセスし、探索することを可能にします。これは、生物学的発見とタンパク質設計のためのオープンなリソースとして機能します。このプラットフォームは、現在68億のタンパク質配列と11億の予測された構造を網羅する、タンパク質生物学の膨大なデータセットを整理し、ナビゲート可能にします。AIを活用して、遠縁の遺伝子編集酵素間の進化的つながりを含む、従来のデータベースでは捉えられなかったタンパク質間の関係を特定し、表面化させます。このイニシアチブは、経験的スクリーニングを計算主導型設計に変換することで、治療法の発見を加速することを目指しています。
features
ESM Atlasは、タンパク質研究と発見を促進するために設計された包括的な機能群を提供し、高度なAIモデルを活用して、タンパク質構造データへの比類ないアクセスを提供します。その機能は、基本的なデータアクセスから複雑なタンパク質設計ワークフローのサポートまで多岐にわたります。
use cases
ESM Atlasは、主にタンパク質研究、バイオインフォマティクス、治療薬開発に従事する科学コミュニティ向けに設計されています。そのオープンな性質と膨大なデータセットは、複数の分野にわたって貴重なリソースとなります。
pricing
Biohub ESM Atlasは、関連モデルのESMCおよびESMFold2とともに、世界の科学コミュニティに無料で提供されています。モデルはMITライセンスの下でリリースされ、データはCC BY 4.0ライセンスの下で利用可能であり、学術的および商業的利用に制限はありません。コアモデルとデータはオープンですが、Atlasサービス自体はフリーミアムモデルで運営されており、共有リソースの公正な利用を確保するため、APIアクセスにはレート制限があります。ユーザーは過度な利用を避けるためにリクエストを管理することが推奨されます。
類似ツール
ESM Atlasは、特にその基盤となるESMFold2モデルを通じて、タンパク質構造予測とデータベース規模において大きな進歩を遂げており、Google DeepMindのAlphaFoldのような確立されたプラットフォームに直接挑戦しています。そのオープンソースの性質とメタゲノムの多様性への焦点は、明確な利点を提供します。
Offers a vast, highly accurate database of over 200 million predicted protein structures, covering nearly all catalogued proteins known to science.
Similar to ESM Atlas in providing a large, open-access database of predicted protein structures for research. While ESM Atlas specifically focuses on metagenomic proteins and emphasizes speed with its language model, AlphaFold is renowned for its high accuracy across a broader range of proteins and has a larger overall database size, though not exclusively metagenomic.
Integrates deep learning with traditional energy-based methods to predict tertiary protein structures and protein-protein interactions, including complete biological assemblies.
Unlike ESM Atlas, which is a pre-computed atlas of metagenomic structures, RoseTTAFold is a powerful AI prediction tool that researchers use to generate structures on demand, including protein complexes, rather than browsing a pre-existing database.
Provides a no-code platform with powerful foundation models for protein engineering, structure/function prediction, and model training, making advanced AI accessible to biologists.
While ESM Atlas is a static atlas of predicted structures, OpenProtein.AI offers an interactive platform for designing and predicting new proteins using AI, including custom model training. It targets researchers but focuses on active protein engineering rather than just providing access to a pre-computed database, and offers a free tier for academia.
A single-sequence based model that excels at predicting structures for orphan proteins and in antibody design without requiring multiple sequence alignments (MSAs), offering a balance between speed and accuracy.
Similar to ESMFold (the underlying model for ESM Atlas) in being a single-sequence based prediction tool, OmegaFold offers an alternative for researchers needing fast predictions, especially for proteins lacking evolutionary information. Unlike the pre-computed ESM Atlas, OmegaFold is a tool for on-demand prediction, often used for novel or de novo designed proteins.
Storkでもっと
同じカテゴリの他のツール（共通タグで関連付け）
