Outil d'IADead Man Walking

Examen d'ESM Atlas

ESM Atlas est un atlas ouvert donnant accès à des milliards de structures protéiques métagénomiques prédites, servant de ressource essentielle pour la découverte biologique et la conception de protéines.

shipped 1 juin 2026aifreemium

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1ESM Atlas, développé par Biohub, englobe actuellement 6,8 milliards de séquences protéiques et 1,1 milliard de structures protéiques prédites.

2La plateforme utilise l'IA pour identifier les liens évolutifs entre les protéines, y compris les enzymes d'édition génique éloignées.

3ESM Atlas et ses modèles associés (ESMC, ESMFold2) ont été publiés le 27 mai 2026, sous des licences open-source (MIT pour les modèles, CC BY 4.0 pour les données).

4Le modèle sous-jacent ESMFold2 est réputé surpasser AlphaFold3 dans diverses métriques de prédiction de structure protéique.

𝕏 in ↑↗

Stork Quadrant

Dead Man Walking· 15/100

An LLM can do most of what this tool's UI promises. No moat, no agent presence.

“The 617 million predicted metagenomic protein structures are the only thing keeping this alive. No LLM can conjure that corpus from thin air — it's a specific, curated, computationally expensive dataset that took Meta's ESM model and massive infrastructure to produce. The UI is replaceable; the atlas is not. But it's a single moat, and Meta owns it, so any defensibility belongs to them, not a downstream wrapper.”
— Claude Sonnet 4.6, scored 2026-06-01

Defensibility · 15/100

Physical-world coupling
Regulatory moat
Network liquidity
Proprietary refreshing data
High-trust catastrophic workflows
Multi-party coordination
Brand / community / taste

An LLM alone could replace

Explain what a protein structure looks like or describe its properties in natural language
Summarize research papers about metagenomic proteins
Generate hypotheses about protein function based on sequence descriptions
Answer general questions about metagenomics and protein folding concepts

Agent-Readiness · 15/100

Verified MCP
Listed on agent surfaces
Usage-based pricing
Headless agent auth
Public OpenAPI— https://esmatlas.com/openapi.json
Active changelog
llms.txt— https://esmatlas.com/llms.txt

How to defend

The only real move is to become the query and analysis layer that researchers actually cite — build tooling for structural comparison, functional annotation pipelines, and integration with wet-lab workflows so the atlas becomes infrastructure, not just a search box.

Ship an MCP server and list it on Stork — biggest single point gain (+25).
Get listed in the Anthropic MCP registry, Cursor, or Claude Desktop (+20).
Add a usage-based or per-call tier; per-seat-only pricing dies when agents replace seats (+15).
Expose API-key auth with a self-serve sandbox tier; remove sales-call gates (+15).
Publish a public changelog and ship in the last 90 days — silence reads as abandonment (+10).

How this score is computed →See the full quadrant How to defend

ESM Atlas at a Glance

Best For

Researchers and developers in metagenomics and bioinformatics

Pricing

freemium

Key Features

Open access to metagenomic protein structures, Comprehensive database of predicted structures, User-friendly interface for researchers, Supports various research applications, Regular updates with new data

Alternatives

AlphaFold Protein Structure Database, RoseTTAFold (Baker Lab), OpenProtein.AI, OmegaFold

About ESM Atlas

Platforms

Web

Target Audience

Researchers and developers in metagenomics and bioinformatics

Leadership

Meta AI

Contact

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<a href="https://www.stork.ai/en/esm-atlas" target="_blank" rel="noopener noreferrer"><img src="https://www.stork.ai/api/badge/esm-atlas?style=dark" alt="ESM Atlas - Featured on Stork.ai" height="36" /></a>

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[![ESM Atlas - Featured on Stork.ai](https://www.stork.ai/api/badge/esm-atlas?style=dark)](https://www.stork.ai/en/esm-atlas)

overview

Qu'est-ce qu'ESM Atlas ?

ESM Atlas est un outil de prédiction et d'exploration de structures protéiques développé par Biohub (une initiative de la Chan Zuckerberg Initiative) qui permet aux chercheurs en métagénomique et en science des protéines d'accéder et d'explorer des milliards de structures protéiques métagénomiques prédites. Il sert de ressource ouverte pour la découverte biologique et la conception de protéines. La plateforme organise et rend navigable un immense ensemble de données de biologie des protéines, englobant actuellement 6,8 milliards de séquences protéiques et 1,1 milliard de structures prédites. Elle utilise l'IA pour identifier et faire apparaître des relations entre les protéines que les bases de données traditionnelles n'auraient peut-être pas capturées, y compris les liens évolutifs entre des enzymes d'édition génique éloignées. Cette initiative vise à accélérer la découverte thérapeutique en transformant le criblage empirique en conception guidée par le calcul.

quick facts

Faits en bref

Attribut	Valeur
Développeur	Biohub (une initiative de la Chan Zuckerberg Initiative)
Modèle économique	Freemium (les modèles de base sont Open Source)
Tarification	Freemium (accès de base gratuit ; les modèles et données de base sont open source sous licences MIT/CC BY 4.0)
Plateformes	Web, API
API disponible	Oui
Fondation	Publication initiale par Meta AI en novembre 2022 ; Mise à jour majeure par Biohub le 27 mai 2026
Public cible	Biologistes, Bioinformaticiens, Biologistes structuraux, Chercheurs en science des protéines, Chercheurs en maladies

features

Principales fonctionnalités d'ESM Atlas

ESM Atlas offre une suite complète de fonctionnalités conçues pour faciliter la recherche et la découverte de protéines, en tirant parti de modèles d'IA avancés pour offrir un accès inégalé aux données structurelles des protéines. Ses capacités s'étendent de l'accès aux données de base au soutien de flux de travail complexes de conception de protéines.

1Accès ouvert à 1,1 milliard de structures protéiques métagénomiques prédites.
2Base de données complète de structures prédites dérivées de 6,8 milliards de séquences protéiques.
3Interface conviviale pour naviguer et explorer la biologie des protéines.
4Prend en charge diverses applications de recherche, y compris la compréhension de la fonction des protéines et la découverte biologique.
5Mises à jour régulières avec de nouvelles données et des améliorations de modèles.
6API disponible pour l'accès programmatique et l'intégration dans des flux de travail personnalisés.
7Permet l'identification des relations entre les protéines, y compris les liens évolutifs.
8Facilite la prédiction de la structure des protéines et la conception de nouveaux liants protéiques.

use cases

Qui devrait utiliser ESM Atlas ?

ESM Atlas est principalement conçu pour la communauté scientifique engagée dans la recherche sur les protéines, la bioinformatique et le développement thérapeutique. Sa nature ouverte et son vaste ensemble de données en font une ressource précieuse dans de multiples disciplines.

1**Biologistes et Bioinformaticiens :** Pour explorer la biologie non caractérisée, comprendre la fonction des protéines et analyser la diversité des protéines métagénomiques.
2**Biologistes structuraux :** Pour la prédiction de la structure des protéines, la validation des structures expérimentales et l'orientation des efforts de conception de protéines.
3**Chercheurs en science des protéines :** Pour accélérer la découverte et la recherche biologique en fournissant une carte complète de la biologie des protéines.
4**Chercheurs en maladies :** Pour identifier des cibles thérapeutiques potentielles et concevoir par calcul des liants fonctionnels afin d'accélérer la découverte de médicaments en phase précoce.
5**À des fins éducatives :** En tant que ressource ouverte pour l'enseignement et l'apprentissage de la structure, de la fonction et de la bioinformatique des protéines.

pricing

Tarification et plans d'ESM Atlas

L'ESM Atlas de Biohub, ainsi que ses modèles associés ESMC et ESMFold2, est librement accessible à la communauté scientifique mondiale. Les modèles sont publiés sous licence MIT, et les données sont disponibles sous licence CC BY 4.0, permettant une utilisation académique et commerciale sans restriction. Bien que les modèles et les données de base soient ouverts, le service Atlas lui-même fonctionne sur un modèle freemium, l'accès API étant soumis à des limites de débit pour garantir une utilisation équitable des ressources partagées. Il est conseillé aux utilisateurs de gérer leurs requêtes pour éviter la surutilisation.

1**Accès gratuit :** L'accès de base à l'interface web d'ESM Atlas et à ses 1,1 milliard de structures protéiques prédites est gratuit.
2**Modèles Open Source :** Les modèles sous-jacents ESMC et ESMFold2 sont librement disponibles sous licence MIT pour une utilisation illimitée.
3**Données ouvertes :** Les données de structure protéique sont disponibles sous licence CC BY 4.0, permettant une utilisation et une redistribution larges.

competitors

ESM Atlas vs Concurrents

ESM Atlas, en particulier grâce à son modèle sous-jacent ESMFold2, représente une avancée significative dans la prédiction de la structure des protéines et l'échelle des bases de données, défiant directement les plateformes établies comme AlphaFold de Google DeepMind. Sa nature open-source et son accent sur la diversité métagénomique offrent des avantages distincts.

AlphaFold Protein Structure Database↗

Offers a vast, highly accurate database of over 200 million predicted protein structures, covering nearly all catalogued proteins known to science.

Similar to ESM Atlas in providing a large, open-access database of predicted protein structures for research. While ESM Atlas specifically focuses on metagenomic proteins and emphasizes speed with its language model, AlphaFold is renowned for its high accuracy across a broader range of proteins and has a larger overall database size, though not exclusively metagenomic.

RoseTTAFold (Baker Lab)↗

Integrates deep learning with traditional energy-based methods to predict tertiary protein structures and protein-protein interactions, including complete biological assemblies.

Unlike ESM Atlas, which is a pre-computed atlas of metagenomic structures, RoseTTAFold is a powerful AI prediction tool that researchers use to generate structures on demand, including protein complexes, rather than browsing a pre-existing database.

OpenProtein.AI↗

Provides a no-code platform with powerful foundation models for protein engineering, structure/function prediction, and model training, making advanced AI accessible to biologists.

While ESM Atlas is a static atlas of predicted structures, OpenProtein.AI offers an interactive platform for designing and predicting new proteins using AI, including custom model training. It targets researchers but focuses on active protein engineering rather than just providing access to a pre-computed database, and offers a free tier for academia.

OmegaFoldOn Stork Compare

A single-sequence based model that excels at predicting structures for orphan proteins and in antibody design without requiring multiple sequence alignments (MSAs), offering a balance between speed and accuracy.

Similar to ESMFold (the underlying model for ESM Atlas) in being a single-sequence based prediction tool, OmegaFold offers an alternative for researchers needing fast predictions, especially for proteins lacking evolutionary information. Unlike the pre-computed ESM Atlas, OmegaFold is a tool for on-demand prediction, often used for novel or de novo designed proteins.

❓

Questions fréquentes

+Qu'est-ce qu'ESM Atlas ?

+ESM Atlas est-il gratuit ?

Oui, ESM Atlas fonctionne sur un modèle freemium. L'accès de base à l'interface web et à ses 1,1 milliard de structures protéiques prédites est gratuit. Les modèles sous-jacents ESMC et ESMFold2 sont open source sous licence MIT, et les données sont disponibles sous licence CC BY 4.0, permettant une utilisation académique et commerciale gratuite et illimitée. L'accès API est disponible mais soumis à des limites de débit.

+Quelles sont les principales fonctionnalités d'ESM Atlas ?

Les principales fonctionnalités incluent l'accès ouvert à 1,1 milliard de structures protéiques métagénomiques prédites, une base de données complète dérivée de 6,8 milliards de séquences protéiques, une interface conviviale, le support de diverses applications de recherche comme la compréhension et la conception de la fonction des protéines, des mises à jour régulières des données, et une API disponible pour l'accès programmatique.

+Qui devrait utiliser ESM Atlas ?

ESM Atlas est destiné aux biologistes, bioinformaticiens, biologistes structuraux et chercheurs en science des protéines et en recherche sur les maladies. Il est précieux pour explorer la biologie non caractérisée, prédire les structures protéiques, comprendre la fonction des protéines et accélérer la découverte thérapeutique.

+Comment ESM Atlas se compare-t-il aux alternatives ?

ESM Atlas, en particulier avec son modèle ESMFold2, offre une base de données de 1,1 milliard de structures prédites, significativement plus grande que les 200 millions d'AlphaFold DB. ESMFold2 est réputé surpasser AlphaFold3 dans diverses métriques de prédiction et offre une utilisation commerciale illimitée. Contrairement aux outils comme ColabFold ou RoseTTAFold qui génèrent des structures à la demande, ESM Atlas fournit un vaste atlas pré-calculé, avec ses modèles et données de base entièrement open source.

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